Этот анимационный сериал повествует о приключениях известных Черепашек-ниндзя, которые выходят искать новые приключения на улицах Нью-Йорка. С детства скрывавшиеся в канализации и оттачивающие свои боевые навыки, герои впервые вышли на поверхность, где их ожидали серьезные испытания. Преступный мир города активизировался, и теперь, когда о защитниках в масках узнал весь город, безопасность Нью-Йорка зависит от их действий. События сериала разворачиваются между событиями "Погрома мутантов" и последующим сиквелом, подчеркивая неизменную актуальность Черепашек-ниндзя в борьбе с преступностью.